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至正十六年（公元1356年），朱元璋带领大军，日夜围攻，用了十天的时间，把元末重镇集庆（江苏南京）拿了下来。当他称帝后，就把集庆改名为应天府，并作为自己的都城，同时把开封（河南开封）作为陪都。应天府，或称京师，是南京在明朝时期的名称，为明朝前期首都，后永乐时期迁都顺天府，应天府作为留都。应天府下辖上元、江宁、句容、溧阳、溧水、高淳、江浦、六合八县。

明朝（1368年 ―1644年 ）是中国历史上最后一个由汉族建立的大一统王朝，共传十六帝，享国二百七十六年

明朝立国之初，朱元璋的势力范围主要在南方。1368年，朱元璋在应天府称帝，并建都于此，改名为南京。

燕王朱棣在朱元璋去世后从北平发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。此时蒙古族的残余势力还在北方威胁着大明王朝的社稷安危，而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。朱棣继位后于永乐元年改北平为北京，并大规模修筑北京城，做迁都的准备。

1421年明朝迁都北京，并改北京为京师，同时复原南京的名号。

明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。

不过，南京各机构设员较少，管辖范围也仅限于南京。虽品级与北京各官相同，权力却大大不如。时人均把南京官视为闲职，官员由北京调往南京，也往往是一种贬斥。明中期以后，党争激化，在北京失意的官员多集中在南京。一时之间，南京顿时成为反对派的大本营。于是便出现了对立的两党各据一京，互相贬斥，针锋相对的情况。

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