基本操作： 十字键：控制移动 START：开启游戏菜单 方块：近身格斗、射击 叉键：跳跃 圆圈：武器更换 三角：投掷手雷 L1:丢弃武器 R1:特殊功能 R2:特殊攻击 R2+上：特殊技 叉键+下：脱离乘坐物 新加入的系统： Rush Blaster系统： 随着打敌人会不断增加画面下方的槽，最多可以攒到4个槽，每加一个槽打败敌人的分数会依次增加2、4、8、16倍。

攒到4个之后，槽会开始慢慢减少。

此事打死敌人后分数为16倍，并且敌人会不停地掉金币。

随着不同的武器增加槽的速度有差异。

总之这是一个赚分用的系统。

特殊格斗技系统： 由于本作有《KOF》中的克拉克和拉尔夫客串，游戏中特意加入了特殊格斗系统，玩家在游戏中按下R2键即可发动每个角色的特殊格斗攻击，如果按下R2+上，那么克拉克便会在接近杂兵的时候使出“指令投”将其一击必杀，拉尔夫则使出“机炮拳”理论上对任何敌方目标实施打击。

新登场的超兵器 　　超兵器除了前作中登场的坦克和战斗机以外，新加入了钻子战车以及驴车。

由于剧情设定为《合金弹头3》直后的故事，所以不等场机器人型的超兵器。

钻子战车可以随时调换纵横方向，不知钻子本身有没有攻击力。

另外驴车还可以挂上车厢用炮攻击。

　　各角色的特性 　　マルコ：初期装备，手枪的攻击力2倍(EASY模式下是重机关枪) 　　ターマ：乘坐超兵器后机关枪的攻击力为1.5倍。

并且超兵器的耐久度和子弹补给数增加到2倍。

还可以进行超兵器的自动连射以及方向固定。

　　エリ：初期手榴弹所持数以及手榴弹补给数2倍。

投手榴弹时可以用方向键来调整投手榴弹的方向。

　　フィオ：作为初期装备，除了手枪以外还拥有机关枪(EASY模式下拥有重机关枪)。

同时子弹数以及子弹补给数为1.5倍。

　　ラルフ：可以扛住一次敌人的攻击。

格斗攻击速度快，对任何兵种都可以进行格斗近身攻击。

但是所有武器的子弹数都只有正常的1/2。

　　クラーク：用克拉克擅长的投技SAB(KOF中的指令投)可以将一部分敌人一击必杀。

并且连续成功SAB后会有额外的奖励分。

要赚分数的话克拉克就是最佳任选。

“EASY模式”介绍 　　·初期装备是无线子弹的机关枪。

　　·复活时的无敌时间比正常模式长。

　　·全4关通关。

　　·拉尔夫第一次中弹后的无敌时间延长。

　　·获得武器时的子弹数为2倍。